鑑定錯誤是常見的事,但發生在特定的文獻就不怎麼討喜了
對於一個分類學者來說,鑑定植物是很常進行的工作,在這麼龐大的鑑定中,發生錯誤是在所難免的事,但多數的鑑定錯誤都無傷大雅,例如標本館中很常見的訂正標籤,就是用來訂正這類錯誤用的。但有的時候鑑定錯誤就茲事體大了,例如在專論或訂正性的報告中的鑑定錯誤,可能會使後人一直指鹿為馬,使用不正確的學名。因此這些錯誤,就有被指出的必要,這個時候該怎麼辦呢?
值得注意的是,Hayata並非學名的命名者,他只是用了這個學名而已,真正的學名命名者是Steudel。而這串文字經常與異名一起至於學名之下,但這絕對不是同物異名,需要特別注意。
本文於2018.5.22發表於同名專頁
凡走過必留下痕跡,凡轉移過必留下引證
最近天氣真的是熱到爆,連寫作的意願都降低了呢~ (謎之音:本來也沒多高好嗎?),這種天氣實在不適合閱讀一些太燒腦的主題,因此我們就來談談甚麼是雙重引證吧!
對植物分類學家而言,雖然某種植物通常都只有一個學名,但是因為分類學的變動特性,當不同的證據出現時,這種植物的分類地位可能就會隨之更動,例如從前是屬於A屬,如今的研究結果卻傾向置於B屬;又如原本是A種,但現在屬於B種的變種,這種分類地位更迭的狀況,我們稱之為轉移。
當學名發生轉移時,就必須要在命名者的位置雙重引證 (double citation)。什麼意思呢?也就是當從A屬轉移至B屬時,保留該種植物的種小名,將原先的命名者置於括號之中,其後再掛上轉移後學名的命名者,就像下面這樣:
Albizia procera (Roxb.) Benth. =新組合
Mimosa procera Roxb. =基本異名 (基礎名 basinym)
轉移後的學名就稱為新組合 (new combination),而轉移前的學名稱為基礎名或基本異名 (basinym)。上面這個案例中,Mimosa procera Roxb.就是基本異名。而不管是水平 (相同位階) 或垂直轉移 (不同位階),都需要做這件事,相關的法規規定於條款49.1 (墨爾本法規):
當屬或屬下之分類群,變更階級後仍維持原學名或尾名時,具早尾名之合法著者 (即基礎異名之著者) 應置於變更者 (新組合之著者) 前面引用置括號中。又屬下分類群無論階級變更與否,轉移至他屬種時,同法處理。
值得注意的是,有時也會發生無法轉移的狀況,例如下面這個案例:
Cynanchum mooreanum Hemsl. in J. Linn. Soc. Bot. 26:108, 1889. 毛白前
Vincetoxicum chinense S. Moore in J. Bot. 13:228, 1875
[block] Cynanchum chinense R. Brown in Mem. Wern. Nat. Hist. Soc. 1:44, 1810.
毛白前係由Moore發表於1875年,當時是置於Vincetoxicum,後來的研究證實Vincetoxicum應該併入Cynanchum中,因此毛白前的學名必須轉移。但轉移必須保留種小名,這時發生了一個問題,在Cynanchum中,早在1810年就有個由Robert Brown發表的C. chinense,這個種類又與毛白前不同,基於學名不能重複的原則,這個案例就不能使用新組合的方式轉移到Cynanchum了。所以後來Hemsley在Cynanchum中取的一個新名稱C. mooreanum來作為毛白前在Cynanchum中的學名。
雙重引證的功能是留下線索,讓我們在追尋某個學名的歷史時,可以很容易的找到最源頭的學名究竟是誰,進而追到這個種類的原始資料,例如敘述或模式標本等,所以看懂雙重引證的意思,對於分類學研究者而言是不可或缺的能力。
本文於2018.4.10發表於同名專頁
APG系統究竟是什麼?
APG系統自發表至今已有4個版本,第一版發表於1998年 (APG I),而後分別於2003 (APG II)、2009 (APG III)、2016 (APG IV) 年發表修訂版本。從各個版本的演進來看,被子植物在科和目這兩個位階的親緣關係已經漸趨穩定,許多難解的部分都獲得一定程度的解決,新的版本裡大幅更動的狀況已經減少很多,可預期的是未來的改版應該會朝向更細緻的方向進行。
APG系統是由被子植物種系發生學組 (Angiosperm Phylogeny Group) 利用分子生物學技術加上支序學原理所建構的一個分類系統。本系統的精神在於大幅的提高了分類系統的客觀性,因其並非一人一地之作,對於分類群的歸類也非主觀認定決定,而是由支序學的方法論而來,從這點看來,本系統確實是有其重要的貢獻。
就其內容來看,這個系統處理的對象在目和科這兩個位階,對於目以上的位階並不給予正式名稱,而以分支的名稱取代,例如真雙子葉植物分支、單子葉植物分支等。過去慣用的雙子葉植物的概念,在這裡被拆解為被子植物基群和真雙子葉植物,其中前者包括過去在一些系統裡認為比較原始的類群,例如木蘭科 (Magnoliaceae)、樟科 (Lauraceae)、無油樟科 (Amborellaceae) 或冬木科 (Winteraceae) 等。而後者則包括大部分過去我們熟知置於雙子葉植物中的類群。單子葉植物的部分因為是單系群的關係所以維持不變,但裡面的幾個科的變革很大。
變動比較大的幾個科包括百合科 (Liliaceae)、玄參科 (Scorphulariaceae)、錦葵科 (Malvaceae)、馬齒莧科 (Portulacaceae)、虎耳草科 (Saxifragaceae)、大戟科 (Euphorbiaceae)、紫草科 (Boraginaceae) 和忍冬科 (Caprifoliaceae) 等。有趣的是,這些科通常是從一個很大的科被拆成幾個較小的科,而很少有像錦葵科一般,是合併幾個科 (例如木棉科 Bombacaceae和椴樹科 Tiliaceae) 成為一個較大的科。這些科的細分使許多屬必須在科之間搬移,而前幾個版本中,這些科的狀態又極不穩定,這裏舉個例子說明這種現象:天門冬科 (Asparagaceae) 在第一版中仍然只是一個包括2個屬的小科,在第二版中成為了一個可以選擇性與7個科合併的詭異狀態,到了第三版才底定下來,把第二版中可以選擇性合併的科都併進來,成為一個非常大的科 (約2500種植物)。種種變動都是造成難以適應的原因,不過這種大變動未來應該會大幅減少。
不過APG系統難道就沒有缺點嗎?事實上,這應該從幾個面向談起,前面我們說過,本系統是以支序學的方法來定義各分類群,但也就造成了一些科在形態上難以定義的狀況,例如天門冬科在第三版之後的範圍很大,幾乎沒有可以用以定義的特徵,但由於要符合單系群的概念,這樣的範圍還是被留下來了。而這樣的方式,也造成這個系統在應用上的困難,例如現場的初步鑑定,有時很難單從形態上的特徵找到它歸屬的科別。
那我們應該怎麼來看待APG系統呢?其實說穿了,這也就是一個分類系統,嚴格說來與其他系統的地位並無二致,既然我們能夠理解其他系統對個別類群採取的概念和處理,那我們也可以同樣的態度來面對這個系統。並且,絕大多數APG系統的變動都不是新的,也就是說這些處理在過去就多少曾經被提及,只是我們不熟悉而覺得是新的而已。但APG系統確實是一個嶄新的變革,許多標本館也紛紛採用這個系統對館藏歸類,因此了解這個系統確實有其必要。
各版本的原始文獻連結如下:
APG I: https://www.jstor.org/stable/2992015?seq=1#metadata_info_tab_contents
APG II: https://doi.org/10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x
APGIII: https://doi.org/10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x
APGIV: https://doi.org/10.1111/boj.12385
Angiosperm Phylogeny Poster: https://www.researchgate.net/publication/330379214_Angiosperm_phylogeny_poster_APP_-_Flowering_plant_systematics_2019
本文於2018.6.29發表於同名專頁
到底學名是不是咒語?
這標題雖然很莫名其妙,但確實有許多朋友在我念學名的時候,表示他們聽起來很像什麼真言或咒語之類的 (特別是很長的那種)。害我有的時候遇到小朋友發生一些疑難雜症的時候,都想念幾個學名看看會不會有用。不過當然不是要在此比較學名跟一些經文的雷同性質,藉此推論學名究竟能不能當作咒語使用的可能性啦,反而我們來看看怎麼樣看懂一個學名,特別是在正式的文獻上的那種一次一大串的那種。
先前我們提過,學名是由拉丁文或拉丁化的文字所構成,在比較正式的文獻上,還會在後面附上該學名的發表文獻及年代,以蓮華池山龍眼為例,學名加上文獻的話會變成Helicia regetiensis Masam. in Bull. Tokyo Univ. Forest 39: 143. 1951.,其中Helicia是屬名、rengetiensis是種小名 (種加詞)、Masam.為命名者的縮寫、in 表示在、於之意,其後接期刊名,有的時候會用逗號取代,這時後面接的是書籍、Bull. Tokyo Univ. Forest是期刊名稱的縮寫、39:143. 1951. 則是卷次、頁碼與發表年代了。有時期刊卷數後面會以括號再加上期數。
不過,這樣的表示方式實在過於繁瑣,所以通常只用在必要的場合,例如各區域性植物誌,或是針對某個屬的分類訂正報告,需要正式的羅列出作者的處理時,就會用這樣的表示方式。多數情況下,最多僅需列出包括命名者的部分就已經夠用,不用再列出後面一長串的文獻出處。命名者若超過3位以上的話,亦允許使用et al.的方式來處理。
總之,了解了學名的結構之後,是不是覺得學名看起來也沒那麼像咒文了呢?雖然我們不一定能夠了解學名文字上的含義,但認識其結構,有助於我們在看很多文獻時,理解那一大串看來很不平易近人的文字所傳達的資訊與意義。
本文於2018.4.10發表於同名專頁
在學名的世界裡到底誰優先?
在學名的世界裡,早出生這件事是非常有優勢的,當身為一個很早就出生的學名,具有合法的身份下,除非有很好的理由,不然你應該可以一直代表著某個類群,生生世世直到永遠。這就是所謂的優先權 (priority),還記得先前談到法規的許多日期嗎?其實這些日期的規範很多都與優先權有關,攸關學名發表當下的合法條件,只有符合這些要件者,才能算得上是合法的學名。
但是優先權也不是一直穩坐下去的,萬一有一天,這個學名要從種降為變種,那麼我們除了要幫這個學名做好產銷履歷 (雙重引證),還要考慮在變種這個位階上是不是還沒有人發表過,如果有的話,非常遺憾,這個學名只能成為別人的同物異名了。優先權這事是這樣,不只要看你出生的日期,還要看你出生的階級。
但也別以為階級對了出生得早就沒你事了,有的學名雖然出生得早,但因為並非出自名門望族,知名度低,被使用的機會少,雖然有優先權,但另一個出生較晚的學名,因為善於行銷,大家都認識他,因此他就破例獲得優先權,成為合法學名。例如樟科木薑子屬於1763年Adanson命名為Malapoenna,1783年Thunberg命名為Tomex,1789年Lamark稱為Litsea,若根據優先權原則,本屬之合法屬名應為Malapoenna Adanson,但由於Litsea Lamark較為慣用,故予以保留使用,這就是所謂的保留名 (conserved name)。
還有一些類群,因為長久以來慣用的名稱與法規規定者不同,貿然改變又容易造成不穩定的局面 (穩定果然很重要吧!),所以就有了兩個通用的學名,這就是科的替換名 (alternative name)。
1. 菊科Compositae, (Asteraceae, type Aster L.)
2. 十字花科Cruciferae (Brassicaceae, type Brassica L.)
3. 禾本科Gramineae (Poaceae, type Poa L.)
4. 金絲桃科Guttiferae (Clusiaceae, type Clusia L.)
5. 唇形科Labiatae (Lamiaceae, type Lamium L.)
6. 豆科Leguminosae (Fabaceae, type Faba Mill.(=Vicia L.)
7. 棕櫚科Palmae (Arecaceae, type Areca L.)
8. 蝶形花科Papilionaceae (Fabaceae, type Faba Mill.(=Vicia L.)
9. 繖形科Umbelliferae (Apiaceae, type Apium L.)
當蝶形花科被視為獨立的科別時,其對應豆科 (Leguminosae) 保留。
好的,那有沒有剛好那種情況,就是學名發表的時候具有相同的優先權,但後來發現兩者其實是同一個類群,這種時候優先權該怎麼辦呢?這種狀況當然有,而且還不算少見。比較有名的例子大概是山茶科 (Theaceae) 的茶屬 (Thea L.) 與 山茶屬 (Camellia L.)。這兩個屬皆由林奈於1753年發表,這一年正好是法規中規定種與種下類群優先權的起點。一開始,這兩個屬是以花著生的位置來區分的,但後來的研究中認為兩者其實沒有明顯差異,應該是同一屬,這個時候,就要看研究者的抉擇了。彼時,研究人員選了Camellia,因此這個名字就作為山茶屬流傳下去,沿用至今了。這也是為什麼山茶科的科名沒有對應的現行屬名的由來。
本文於2018.5.8發表於同名專頁
紀念一個人不只有既定程序,它可能還很複雜
新的一年又過了三個多月了,希望今年的發文頻率可以高一點,不然這裡都快變沙漠了。那麼,這次要討論的是有關人名引用在種小名的規範,這個規範當然也包括亞種或變種等種下位階的名稱。
在植物的命名中,存在著一類數量相當多的名稱,就是引用人名來當作學名,常見的案例包括牛樟Cinnamomum kanehirae、卡氏櫧Castanopsis carlesii、或著生杜鵑Rhododendron kawakamii等,其中的kanehirae、carlesii和kawakamii分別來自金平亮三 (Kanehira Ryoso)、William Richard Carles以及川上瀧彌 (Kawakami Takiya)。
根據法規,當人名引用於種或種下位階時,都必須符合60.8條款,若與之牴觸則必須修正,除非符合擬則60C.1的規範。根據該條款,人名引用於種及種下位階時有2種格式:屬格名詞及形容詞,其中前者的性、數須與被紀念者相符;而後者的性別則須與屬名相符。兩者的使用沒有強制的規範,由命名人自行選擇即可。
由以上規範,可以檢索表表示如下 (譯自Turland, 2019)
1. 小名為形容詞
2.人名結尾為子音
3.屬名為陽性 +-ianus
3.屬名為中性+-ianum
3.屬名為陰性+-iana
2.人名結尾為母音
4.人名結尾為-a
5.屬名為陽性+-nus
5.屬名為中性+-num
5.屬名為陰性+-na
4.人名結尾為-e, -i, -o, -u, 或-y
6.屬名為陽性+anus
6.屬名為中性+-anum
6.屬名為陰性+-ana
1. 小名為屬格名詞
7.人名結尾為子音,但不是-er
8.被紀念者為單數
9.該人為男性+-ii
9.該人為女性+-iae
8.被紀念者為複數
10.至少有一名為男性+-iorum
10.全為女性+-iarum
7.人名結尾為母音或-er
11.人名結尾為-a
12.被紀念者為單數 (男性或女性)+-e
12.被紀念者為複數 (男性或女性)+-rum
11.人名結尾為-e, -er, -i, -o, -u, 或-y
13.被紀念者為單數
14.該人為男性+-i
14.該人為女性+-ae
13.被紀念者為複數
15.至少一人為男性+-orum
15.全為女性+-arum
過去比較常見的拼字錯誤包括早田氏被引用時常用的hayatai (應為hayatae)、島田氏shimadai (應為shimadae) 或金平氏kanehirai (應為kanehirae)。近代的則有錦美山茶Camellia chinmeii S.L. Lee & T.Y.A, Yang,此處根據原始文獻的說明,被紀念者為作者的妻子,為女性、單數,且很明顯是以屬格名詞的方式呈現,因此應修正為chinmeiae。
詳細說明可參考Turland, N. 2019. The Code Decoded一書
本文於2020.4.6發表於同名專頁
學名不只要出版,還要重版出來 (誤)
學名也要出版?是的,學名也要出版,而且還有一些規定需要遵守,這個學名才叫做有效的學名,一不注意,該學名可能就變成一個無效的學名,不可不慎。而這兩項規定就是正當出版 (valid publication) 及有效出版 (effective publication) ,兩者規定於法規之第四章及第五章,分別介紹如下:
有效出版 (effective publication)
有效出版指的是該新名稱在法規下,僅以印刷物於公眾機構或至少各大植物學機關之圖書館所發表,可經出售、交換或贈與,提供植物學者普遍利用者,始為有效出版。2012年1月1日之後,具有國際標準期刊編碼 (ISSN) 或國際標準圖書編碼 (ISBN) 之電子期刊所發表之PDF文件 (參照第29.3條款與擬則29A.1),亦屬有效發表 (條款29.1)。在公開議會發表之名稱,或在公共植物園或標本上標示之名稱,或僅由手稿、打字稿或其他未發表資料製成之顯微膠片公開發表者,或非如第29條款所描述,僅由電子及電子媒體傳遞者,均屬無效 (條款30.1)。
實務上,現在多數的新名稱多半發表在期刊上,少有不符合有效出版的狀況。但是有一部分的學名會發表在書籍上,作者可能要考慮到流通性的問題,雖然目前書籍出版都需要申請ISBN,但發行量很少的狀況下 (特別是沒有電子書的情況下),很容易使後來的研究學者難以取得這些研究資料。
正當出版 (valid publication)
正當出版的內容則更加嚴格,除了必須具有有效出版外,更需具備植物之拉丁文或英文特徵敘述、學名締造合於法規及指定模式標本四條件都具備者方為正當出版 (條款32.1及38.1),而一植物之學名是否合法必須有效出版與正當出版兼具尚可稱為有效之學名。
39.1條款:1935年1月1日至2011年12月31日:於此日期之間,新分類群 (藻類和所有化石類群除外) 名稱之正當出版必須附有拉丁文描述或特徵摘要或引用 (參照第38.13條款) 前人已發表的有效拉丁文描述或特徵簡述。
Art. 39.1: In order to be validly published, a name of a new taxon (algae and fossils excepted) published between 1 January 1935 and 31 December 2011, inclusive, must be accompanied by a Latin description or diagnosis or by a reference (see Art. 38.13) to a previously and effectively published Latin description or diagnosis (but see Art. H.9; for fossils see Art. 43.1; for algae see Art. 44.1).
這是一個重要的日期,特別是對於在台灣的植物分類學者們更是如此。金平亮三在1936年發表的增補改版台灣樹木誌,當中有許多新種都缺乏拉丁文描述,所以成為不合法學名,例如玉山衛矛 (Euonymus morrisonensis Kanehira & Sasaki) 即因此而為不合法名,因而後來學者發表了替換名黃氏衛矛 (Euonymus huangii H. Y. Liu & Yuan P. Yang)。
39.2條款:2012年1月1日:正當出版之條件,自該日期起,出版新分類群名稱,必須以拉丁文或英文之特徵描述或特徵簡述或引用前人已發表的有效拉丁文或英文之特徵描述或特徵簡述 (條款39.2)。
Art. 39.2: In order to be validly published, a name of a new taxon published on or after 1 January 2012 must be accompanied by a Latin or English description or diagnosis or by a reference (see Art. 38.13) to a previously and effectively published Latin or English description or diagnosis (for fossils see also Art. 43.1).
40.1條款:1958年1月1日:於此日期或之後,屬或屬下分類群之正當出版必須指明模式。
Art. 40.1: Publication on or after 1 January 1958 of the name of a new taxon of the rank of genus or below is valid only when the type of the name is indicated (see Art. 7–10; but see Art. H.9 Note 1 for the names of certain hybrids).
40.4 條款:2007年1月1日:於此日期之前,新種或新的種下分類群名稱的模式 (化石除外) 可以是一幅插圖,但於此日期之後,其模式必須是一張標本。
Art. 40.4: For the purpose of this Article, the type of a name of a new species or infraspecific taxon (fossils excepted: see Art. 8.5) may be an illustration prior to 1 January 2007, on or after which date, the type must be a specimen (except as provided in Art. 37.5).
40.6條款:1990年1月1日:於此日期或之後,新屬或新的屬下分類群,指定模式標本時必須包括術語typus或holotypus或其縮寫或是現代其他語言中之同義詞。當新屬或屬下分類群僅含一個種時,指明該種之模式即可。
Art. 40.6: For the name of a new taxon of the rank of genus or below published on or after 1 January 1990, indication of the type must include one of the words “typus” or “holotypus”, or its abbreviation, or its equivalent in a modern language (see also Rec. 40A.1 and 40A.2). But in the case of the name of a monotypic (as defined in Art. 38.6) new genus or subdivision of a genus with the simultaneously published name of a new species, indication of the type of the species name is sufficient.
40.7條款:另外,於此日期或之後,新種或種下分類群之名稱,當其模式為一份標本或未發表的插圖時,發表時必須指明保存該模式的標本館、收藏處或研究機構。
Art. 40.7: For the name of a new species or infraspecific taxon published on or after 1 January 1990 of which the type is a specimen or unpublished illustration, the single herbarium or collection or institution in which the type is conserved must be specified.
此外,在法規的附錄I中有所謂的禁止著作 (suppressed work),在羅列的文獻中發表的特定位階的學名,皆屬不合法。
本文最初於2018.5.1發表於同名專頁
穩定、穩定、再穩定
植物學需要一精密命名法規以供世界各國學者共同使用,一方面處理分類群之階級或單位,另一方面則以學名應用於植物各分類群上。學名之創設在於提供指示分類群分類階級之工具,而非指示其特徵或歷史。其目的主要在於提供各及分類群名稱之一固定法則,藉以避免一切易致錯誤、混淆不清或紊亂學名之使用。次為避免不必要學名之創設。至於文法之訂正、讀音不協調、流行之習慣、人名之牽涉等,雖然具有不可否認之重要性,相對成為次要目的。
這是命名法規總論的第一條,很清楚的闡明了法規的精神。法規的目的,在於穩定學名的使用,所以在某些情況下,法規容許例外的存在,例如違反優先權的學名使用,或是替換名等,其目的都是在於不為了遷就法規,而產生過多不必要的學名,或是使學名在應用於不穩定的狀況發生。
其次,法規的原則有6條,說明法規中最重要的概念。
1. 藻類、真菌及植物命名法規獨立於動物及細菌命名法規,互不牽涉。本法規適用於視同藻類、真菌和植物之所有分類群名稱,不論該名稱是否當初有無被指定隸屬者 (見總論8)。
The nomenclature of algae, fungi, and plants is independent of zoological and bacteriological nomenclature. This Code applies equally to names of taxonomic groups treated as algae, fungi, or plants, whether or not these groups were originally so treated (see Pre. 8)
總論第八條表示:本法規之條款適用於所有傳統認知之真菌、藻類及植物,不論化石或非化石植物,包含藍綠藻 (Cynobacteria)、Chytrids、卵菌類及細胞性黏菌;及能行光合作用之原生生物 (Protists) 與其分類上相關而不能行光合作用之原生生物 (原生動物界Microsporida除外)。
2. 分類群的名稱之應用由命名模式決定。
The application of names of taxonomic groups is determined by means of nomenclatural types.
這裡指的是所謂的模式化法 (typification),從科以下的位階皆有對應的模式,其中常被研究者關心的就是所謂的模式標本 (type specimen)。模式標本到底有什麼能耐,只要看一眼,學者的煩惱都可削減大半,後面我們會有專門的文章談這件事。
3. 分類群之命名基於發表的優先權。
The nomenclature of a taxonomic group is based upon priority of publication.
優先權絕對是最常惹事的法規重點,你以為先發表就先贏?要取得絕對的先,絕對沒有那麼容易啊。
4. 每一個具有特定範圍、位置及階層之分類群僅能有一個正確之名稱,除特殊情況外,其指最早合法發表的該名稱。
Each taxonomic group with a particular circumscription, position, and rank can bear only one correct name, the earliest that is in accordance with the Rules, except in specified cases.
特殊情況就是細節中的魔鬼,同時這裡又再次提到優先權,其重要性不言而喻。
5. 無論其詞源為何,分類群之學名應為拉丁文。
Scientific names of taxonomic groups are treated as Latin regardless of their derivation.
這條可能是原則裡最容易理解的了 (笑)。
6. 除非明確限制,命名條款具有追溯既往之效。
The Rules of nomenclature are retroactive unless expressly limited.
還記得先前談到法規有規定每條規則的生效日期嗎?這就是原因。
本文最初於2018.3.27發表於同名專頁。
法規。昏昏欲睡?
每次上課上到植物命名法規,很多學生就會開始進入彌留狀態,接下來所有的一切都忘了。法規確實不是有趣的東西,它就是一條一條硬生生的規則,用來規範學名應該這樣那樣,所以當逐條研讀講解的時候,那真是連專業的學者也很難吃得下去 (搞不好很適合治療失眠)。但是法規既然是規則,就有它的架構與精神,從這邊著手應該會相對簡單許多。
國際植物命名法規的歷史悠久,版本也很多,但最近幾個版本的架構基本上相同,都分為前言、法規中的重要日期、總論以及第一至三篇。
前言通常說明該版本修訂的重點以及與上個版本相較的主要變革。
法規中的重要日期規定各條法規的生效日期,由於命名法規是溯及既往的,所以各條法規的生效時間是相當重要的。
總論 (Preamble) 說明法規的基本精神,比較值得注意的是這裡有說明規則 (rules) 與擬則 (recommendations) 的差別。
第一篇為原則 (principles),是法規當中最重要的概念,共六條。
第二篇為規則與擬則 (Rules and Recommendations),是最主要的法規所在,內容規範有關各分類階層之命名原則、位階之定義、模式法、優先權、有效出版及正當出版、名稱之廢棄及作者的引用等凡62條。
第三篇為管理法規之規定 (Provisions for the Governance of the Code),為規定制定法規之機構設立辦法及委員任命辦法之法規。
法規最後面有附錄數篇,附錄I為雜交種之學名 (Names of hybrids),附錄IIA為藻類、真菌、蕨類和化石植物的保留和廢棄科名,附錄IIB為苔蘚和種子植物之保留科名,附錄III為保留和廢棄屬名,附錄IV為保留和廢棄種名,附錄V為必須廢棄的名稱,附錄VI為禁止著作,發表於這些文獻中之特定階級之分類群必須視為不合法名,附錄VII為本法規中使用和定義的術語。
法規的整體架構看來其實並非太複雜,複雜的是由於實務上的狀況可能同時涉及多條法規,變得相當複雜。有鑑於此,若遇到難以解決的問題,可向IAPT提出解釋,其結果會刊登在TAXON每一期的最後一部分。此外,國際植物學大會每6年開會一次,會後出版新版法規,屆時舊版的法規即失效,因此查閱時務必以新版或IAPT上公告的法規為準。
本文於2018.3.20發表於同名專頁
粗榧是紅豆杉科嗎?
不管是初學者還是專業人員,應該都對於植物分類裡的科 (family) 這個位階不陌生,在記憶一種植物的名稱時,通常也會一併把所屬的科別記憶下來。久而久之,對於各科的植物形態就會大概有個印象,而可以達到舉一反三的地步了。但有的時候也會發現,有些植物的所屬科別經常改變,或是沒有固定的答案。這次要談的主角—粗榧屬 (Cephalotaxus) 就是這樣的案例。
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粗榧又稱三尖杉,是裸子植物當中的一屬,分布於亞洲,擁有約7-9個物種。本屬植物長期以來在科的位階的歸屬在學者間有不同的意見,主要可以概括為以下兩種:其一是與紅豆杉、白豆杉 (Pseudotaxus) 和榧樹 (Torreya) 等屬置於紅豆杉科 (Taxaceae) 中;另一派的意見認為粗榧應該置於獨立的粗榧科 (Cephalotaxaceae) 中。長期以來,因為兩者有各自的證據與論述基礎,這兩種意見一直無法整合。分類學上存在許多這類難以歸類或多種看法皆有其理的狀況,在沒有更全面的證據出現之前,常常都只能處於兩者 (甚至更多) 並陳的狀況。
近年來高通量定序 (high throughput sequencing, 又稱次世代定序 next generation sequencing, NGS) 的技術發展逐漸成熟,使研究者能夠取得基因體 (註1) 等級的遺傳資訊。許多學者利用這項技術,試圖釐清難解的分類議題。近年來,其中的一項發展就是定序葉綠體的全基因體,並以之重建親緣關係,來解決過去難以解決的問題。葉綠體的遺傳物質長期以來都是重建植物親緣關係的重要來源之一,但過去受限於技術,僅能針對少數基因片段定序,資訊量較少,有時難以重建可靠的親緣關係,或是利用不同的片段重建的親緣關係樹彼此衝突等狀況。利用高通量定序的方式,可以取得過去百倍以上的資訊,可以較有效的避免少數片段的解析度差或是衝突性結果的缺點。
再回到粗榧的案例,研究人員採樣紅豆杉科各屬與粗榧屬植物,利用上述技術定序並重建類群間的親緣關係。結果顯示,粗榧屬獨自形成一個高支持度的單系群,並與其餘紅豆杉科各屬為姊妹群。作者並提出相應的形態差異,粗榧屬植物單一珠鱗內有2枚胚珠,而其餘紅豆杉科各屬的單一珠鱗內僅有一枚胚珠。結合以上的遺傳和形態的結果,作者認為粗榧屬應置於獨立的粗榧科,而非紅豆杉科。這個研究探討的不只是分類上的議題,還有粗榧的起源時間的探討,但在此不多加討論,有興趣的話可以參閱發表報告。
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這個案例很好的顯示了高通量定序在植物分類學上的應用與可能性,這個技術的可能性當然不僅止於此,很多學者正利用這個技術挑戰過去難解的議題,但新的技術必定帶來新的科學問題,這個技術絕不會是分類學的最終解答,但正因為如此,未來仍然值得期待!
延伸閱讀:Ji et al. 2021. Plastome phylogenomics of Cephalotaxus (Cephalotaxaceae) and allied genera. https://doi.org/10.1093/aob/mcaa201