selective focus photo of plant spouts

在學名的世界裡到底誰優先?

在學名的世界裡,早出生這件事是非常有優勢的,當身為一個很早就出生的學名,具有合法的身份下,除非有很好的理由,不然你應該可以一直代表著某個類群,生生世世直到永遠。這就是所謂的優先權 (priority),還記得先前談到法規的許多日期嗎?其實這些日期的規範很多都與優先權有關,攸關學名發表當下的合法條件,只有符合這些要件者,才能算得上是合法的學名。
但是優先權也不是一直穩坐下去的,萬一有一天,這個學名要從種降為變種,那麼我們除了要幫這個學名做好產銷履歷 (雙重引證),還要考慮在變種這個位階上是不是還沒有人發表過,如果有的話,非常遺憾,這個學名只能成為別人的同物異名了。優先權這事是這樣,不只要看你出生的日期,還要看你出生的階級。

但也別以為階級對了出生得早就沒你事了,有的學名雖然出生得早,但因為並非出自名門望族,知名度低,被使用的機會少,雖然有優先權,但另一個出生較晚的學名,因為善於行銷,大家都認識他,因此他就破例獲得優先權,成為合法學名。例如樟科木薑子屬於1763年Adanson命名為Malapoenna,1783年Thunberg命名為Tomex,1789年Lamark稱為Litsea,若根據優先權原則,本屬之合法屬名應為Malapoenna Adanson,但由於Litsea Lamark較為慣用,故予以保留使用,這就是所謂的保留名 (conserved name)

還有一些類群,因為長久以來慣用的名稱與法規規定者不同,貿然改變又容易造成不穩定的局面 (穩定果然很重要吧!),所以就有了兩個通用的學名,這就是科的替換名 (alternative name)
1. 菊科Compositae, (Asteraceae, type Aster L.)
2. 十字花科Cruciferae (Brassicaceae, type Brassica L.)
3. 禾本科Gramineae (Poaceae, type Poa L.)
4. 金絲桃科Guttiferae (Clusiaceae, type Clusia L.)
5. 唇形科Labiatae (Lamiaceae, type Lamium L.)
6. 豆科Leguminosae (Fabaceae, type Faba Mill.(=Vicia L.)
7. 棕櫚科Palmae (Arecaceae, type Areca L.)
8. 蝶形花科Papilionaceae (Fabaceae, type Faba Mill.(=Vicia L.)
9. 繖形科Umbelliferae (Apiaceae, type Apium L.)
當蝶形花科被視為獨立的科別時,其對應豆科 (Leguminosae) 保留。

好的,那有沒有剛好那種情況,就是學名發表的時候具有相同的優先權,但後來發現兩者其實是同一個類群,這種時候優先權該怎麼辦呢?這種狀況當然有,而且還不算少見。比較有名的例子大概是山茶科 (Theaceae) 的茶屬 (Thea L.) 與 山茶屬 (Camellia L.)。這兩個屬皆由林奈於1753年發表,這一年正好是法規中規定種與種下類群優先權的起點。一開始,這兩個屬是以花著生的位置來區分的,但後來的研究中認為兩者其實沒有明顯差異,應該是同一屬,這個時候,就要看研究者的抉擇了。彼時,研究人員選了Camellia,因此這個名字就作為山茶屬流傳下去,沿用至今了。這也是為什麼山茶科的科名沒有對應的現行屬名的由來。

本文於2018.5.8發表於同名專頁


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不只是書目,更是植物學者的傳記—Taxonomic Literature

身為植物分類學者,重點工作之一是找尋模式標本,但模式標本不是說找就找得到的東西,加上古早時代的學者,研究過的標本常常四散在許多標本館中,當年又不流行詳細記錄這類資訊。如果要找模式標本,常要先了解這位學者的生平,採集研究的歷程,來推測可能的館藏地點。除非是大師等級的人物,否則這些資訊就會散落在世界各地的大小期刊與書籍當中,找起來並不比標本容易多少。

這時候該怎麼辦呢?今天介紹的這套書,可以幫你在這樣的迷霧之中,指引一盞明燈。

Taxonomic Literature?

這次要介紹的文獻就是《Taxonomic Literature, a selective guide to botanical publications and collections with dates, commentaries, and types》,顧名思義,就是一套處理植物學者、著作與其的標本館藏的文獻。這套書主要是由兩位植物學者Frans Stafleu和Richard S. Cowan編輯,他們收集當時世界上已知的植物學者資訊,整理其著作、標本、傳記、文獻等資料,匯整成為這套書,可以說是植物學者的百科全書。這套書第一版的成書時間為1967年,該版本已難見到,目前能找到的版本多為1976年再版的第二版,至1988年為止,共出版7卷。另外這套書還有增補的部分,這部分從1992年出版增補第一卷開始,至2009年共出版了8卷增補。

這套書收錄的學者從1753至1940年,發表過3個以上屬名的研究者為主。為什麼說「為主」呢?因為作者表示仍有一些囿於資訊難以收集,所以仍有遺漏的條目,加上這套書的副標題為「selective guide」,所以自然在收錄條目上也多少有作者的主觀意見在內。收錄的條目也不限於顯花植物學者,亦包括隱花植物和古植物學者 (註1),收錄的範圍相當廣大。

這套書的條目是根據作者的姓的拼音順序來排序,每個條目的資訊如下:

1. 作者的生卒年、國籍與職業,有時還有簡介。
2. 引用為學名作者時的標準縮寫格式。
3. 標本的館藏地點,包括模式標本和其他材料,如果作者某著作內的標本收錄在不同的標本館內,也會另外列出。
4. 傳記或與作者相關的他人著作。
5. eponomy:這部分比較特別,是以作者為名的學名或著作。例如以工藤佑舜 (Yushun Kudo) 為名的Kudoacanthus (銀脈爵床屬),以及期刊KUDOA。
6. 重要著作的列表,這部分非常詳細,包括文獻名稱、出版年、卷數、縮寫。另外還有書的細節,包括頁數、圖版數、館藏地點等,圖版甚至還有圖版作者等資訊。最後 (如果有的話) 還會附上與該著作相關的文獻。

書中早田文藏 (Bunzo Hayata) 的條目,以及其重要著作。在bibliography and biography的段落中,作者為了節省篇幅,大量使用縮寫來表示出處。

從這幾張圖可以看到,在臺灣植物圖譜的條目下,作者列出各卷的序言、本文、以及圖版的數量,最後是出版日期。這裏還附上山本由松 (Y. Yamamoto) 著作的續臺灣植物圖譜的相關資訊。

從這樣的編排方式可以看出,這套書不僅提供書目資訊而已,還深入的敘述了這些著作的格式與內容,可以看出作者企圖讓讀者在無法取得這些文獻的時候,使讀者盡可能地得知這些文獻的內容。而這樣的編排方式,也能讓讀者快速的認識每位學者,包括其生平以及著作。以上資訊個人認為最難收集的除了典藏標本的資訊外,就屬各種在期刊中的文章了。這些文章通常散落在不同期刊中,要一一的把這些資訊找出來,需要對相關期刊非常熟悉且長期耕耘的專業人士,才有辦法辦到。

雖然在前言裡,作者詳細描述了這套書的方法論,我們可以從而得知,作者如何採集並整理這些龐大的資訊。這些工作即使是在現代,仍然是難以想像的工作量,更何況是那個各種數位典藏並不豐富的年代,作者是拜訪過多少圖書館與標本館,翻過多少文獻才完成這樣的著作。雖然成書時間已久,但直到現在,對於研究1753-1940年的植物學者資訊,仍然是重要的參考資料。

Taxonomic Literature第二版的完整全文可在Biodiversity Heritage Library線上資料庫取得,網址如下:https://www.biodiversitylibrary.org/bibliography/48631

註1: 現代植物分類學幾乎不使用顯花植物 (phanerogamy) 和隱花植物 (cryptogamy) 這兩個名詞,前者指的是現在所謂的裸子植物 (gymnosperm) 和被子植物 (angiosperm,而後者指的則包括其餘以孢子繁殖,傳統上被視為植物的類群,包括真菌 (fungi) 和藻類 (algae) 等。


2021臺灣新植物

嗨~又到了每年的這個時間了,每年發發這個統計文章好像已經變成一種慣例,不過這個統計也滿有趣的,可以知道臺灣的土地上又發現了什麼新的植物。這次同樣是感謝陳柏豪的相助,才能有效的完成這個統計。過去這個統計通常會在每年的12/31上線,但是有鑒於有些期刊在那時,第四期還沒有上線造成遺漏的狀況,所以這次特別改到除夕上線,不過如果有遺漏的話,歡迎各位在留言幫忙補充,讓這個統計更完整吧!

新歸化類群 (newly naturalized taxa)

1. 腋花硬皮豆 Macrotyloma axillare
https://exp-forest.nchu.edu.tw/forest/upload/publish/941-3_3.35-44.pdf

2. 薄葉草合歡 Desmanthus leptophyllus
3. 合歡草 Desmanthus pernambucanus
https://exp-forest.nchu.edu.tw/forest/upload/publish/951-3_3.p159-166.pdf

4. 光頭黍 Panicum coloratum
5. 多子黍 Panicum decompositum
https://exp-forest.nchu.edu.tw/forest/upload/publish/952-3_4.p167-176.pdf

6. 鉤毛草 Pseudechinolaena polystachya
https://www.tesri.gov.tw/Uploads/userfile/A15_2/2021-07-05_1538078123.pdf

7. 倒卵葉木藍 Indigofera spicata
https://www.tesri.gov.tw/Uploads/userfile/A15_2/2021-10-31_1641558691.pdf

8. 綠碎米蕨 Cheilanthes viridis
https://www.tesri.gov.tw/Uploads/userfile/A15_2/2022-01-14_1615033317.pdf

新紀錄類群 (newly recorded taxa)

1. 稀齒樓梯草 Elatostema cuneatum
https://exp-forest.nchu.edu.tw/forest/upload/publish/942-3_4.45-52.pdf

2. 山白前 Vincetoxicum fordii
https://www.biotaxa.org/Phytotaxa/article/view/phytotaxa.478.2.11

3. Leucostegia amplissima
https://doi.org/10.1600/036364421X16312067913534

4. 野百合 Lilium brownii
https://www.tesri.gov.tw/Uploads/userfile/A15_1/2021-12-29_1525221085.pdf

5. 峨嵋鐵線蕨 Adiantum roborowskii
6. 薄蓋雙蓋蕨 Diplazium hachijoense
7. 蝕蓋耳蕨 Polystichum erosum
https://www.tesri.gov.tw/Uploads/userfile/A15_2/2022-01-14_1615033317.pdf

8. 深裂迷人鱗毛蕨 Dryopteris decipiens var. diplazioides
9. 近軸鱗毛蕨 Dryopteris medioxima
https://www.tesri.gov.tw/Uploads/userfile/A15_1/2021-04-01_1450008288.pdf

新種 (new species)

1. 南台灣鳳尾蕨 Pteris austrotaiwanensis
2. 擬烏來鳳尾蕨 Pteris pseudowulaiensis
https://taiwania.ntu.edu.tw/abstract.php?type=abstract&id=1763

3. 高山斑葉蘭 Goodyera maculata
https://taiwania.ntu.edu.tw/abstract.php?type=abstract&id=1769

4. 臺灣薊 Cirsium taiwanense
https://phytokeys.pensoft.net/article/70119/

5. 深山刺蕊草Pogostemon monticola
https://www.biotaxa.org/Phytotaxa/article/view/phytotaxa.507.1.2

6. 臺灣卵果蕨 Phegopteris taiwaniana
https://www.jstage.jst.go.jp/article/apg/72/3/72_202102/_pdf

7. 葉氏斑葉蘭 Goodyera similis var. similoides
8. 聖陵粉蝶蘭 Platanthera quadricalcarata
9. 心唇小柱蘭 Crepidium ×cordilabium
https://taiwania.ntu.edu.tw/abstract.php?type=abstract&id=1727

10. 牟氏羅曼藤蕨 Lomariopsis moorei
https://doi.org/10.3897/phytokeys.187.77035


man hugging his knee statue

紀念一個人不只有既定程序,它可能還很複雜

新的一年又過了三個多月了,希望今年的發文頻率可以高一點,不然這裡都快變沙漠了。那麼,這次要討論的是有關人名引用在種小名的規範,這個規範當然也包括亞種或變種等種下位階的名稱。

在植物的命名中,存在著一類數量相當多的名稱,就是引用人名來當作學名,常見的案例包括牛樟Cinnamomum kanehirae、卡氏櫧Castanopsis carlesii、或著生杜鵑Rhododendron kawakamii等,其中的kanehirae、carlesii和kawakamii分別來自金平亮三 (Kanehira Ryoso)、William Richard Carles以及川上瀧彌 (Kawakami Takiya)。

根據法規,當人名引用於種或種下位階時,都必須符合60.8條款,若與之牴觸則必須修正,除非符合擬則60C.1的規範。根據該條款,人名引用於種及種下位階時有2種格式:屬格名詞形容詞,其中前者的性、數須與被紀念者相符;而後者的性別則須與屬名相符。兩者的使用沒有強制的規範,由命名人自行選擇即可。
由以上規範,可以檢索表表示如下 (譯自Turland, 2019)
1. 小名為形容詞
2.人名結尾為子音
3.屬名為陽性 +-ianus
3.屬名為中性+-ianum
3.屬名為陰性+-iana
2.人名結尾為母音
4.人名結尾為-a
5.屬名為陽性+-nus
5.屬名為中性+-num
5.屬名為陰性+-na
4.人名結尾為-e, -i, -o, -u, 或-y
6.屬名為陽性+anus
6.屬名為中性+-anum
6.屬名為陰性+-ana
1. 小名為屬格名詞
7.人名結尾為子音,但不是-er
8.被紀念者為單數
9.該人為男性+-ii
9.該人為女性+-iae
8.被紀念者為複數
10.至少有一名為男性+-iorum
10.全為女性+-iarum
7.人名結尾為母音或-er
11.人名結尾為-a
12.被紀念者為單數 (男性或女性)+-e
12.被紀念者為複數 (男性或女性)+-rum
11.人名結尾為-e, -er, -i, -o, -u, 或-y
13.被紀念者為單數
14.該人為男性+-i
14.該人為女性+-ae
13.被紀念者為複數
15.至少一人為男性+-orum
15.全為女性+-arum
過去比較常見的拼字錯誤包括早田氏被引用時常用的hayatai (應為hayatae)、島田氏shimadai (應為shimadae) 或金平氏kanehirai (應為kanehirae)。近代的則有錦美山茶Camellia chinmeii S.L. Lee & T.Y.A, Yang,此處根據原始文獻的說明,被紀念者為作者的妻子,為女性、單數,且很明顯是以屬格名詞的方式呈現,因此應修正為chinmeiae。

詳細說明可參考Turland, N. 2019. The Code Decoded一書

本文於2020.4.6發表於同名專頁


brown wooden house near green trees during daytime

穩定是最重要的事,從The Global Flora的事件來看

最近植物分類學界發生了一件大事,事件的起因是最近The Global Flora Special Edition, GLOVAP Nomenclature Part 1: Vol. 4的出版,在該文獻中,發表了3286個新組合學名、415新種名 (new species name)、4個新種和2個新屬。對此,美國植物分類學家協會 (American Society of Plant Taxonomists, ASPT) 發表了一封公開信來回應此事。以下我擷取了信中所列的幾個重點。

命名法規提供了一套供全世界的科學家對於生物命名的正式規範。然而,同樣重要的是,在研究者間,也有一套不成文的準則,其中下列數點是我們認為至關重要的:

1. 分類學是一門研究。分類學家對於生物的命名可能會有不同的意見,但那些意見應當被作為假說來測試方能正式接受。
2. 分類學的研究是緩慢的且可能產生不明確的成果,但命名上的變更卻需要強而有利的證據支持。很多類群即使經過好幾年的研究後,仍然停留在一個親緣關係不確定的狀況中。而這樣的不確定性,可能來自於樣本或參與分析物種種類之不足。基於支持度不足或衝突性的親緣研究成果而提出的分類上的改變,可能具有潛在性的錯誤。因此,在正式提出改變之前,必須盡可能的收集樣本及增加分析的類群,以求得具有高支持度的成果。這也是為什麼親緣分析的作者們很少提出命名上的變更,直到獲得確鑿的證據。這種嚴謹的程度確保了分類學的科學價值及穩定性,也確保了其成果能被其他領域所用。
3. 植物學領域中,研究者是緊密聯繫的。對於研究人員來說,了解哪個類群正由誰在研究,而又有哪些類群是需要修訂是很容易的。研究者之間常相互討論,以了解哪些領域能使學生得到最大的發揮。雖然競爭能夠健康的提升分類學研究的水準,但我們仍然致力於減少彼此研究領域的重疊以及竊取他人的想法。因此,機構間的合作對我們的領域而言是常態,並且避免在他人已進行中且即將完成的領域啟動競爭性的計畫。認識到良好的科學特別是分類學研究,是需要長時間才能得到正確且穩定的成果。這些認知對於這個領域的成長以及確保分類學的成果是經由良好支持的研究來說非常重要。
4. 我們發表的結果為分類學的變革提供了基礎,而這些結果係由同行進行審查。雖然ICN規定命名上的變革不需要經由同行的審查,但理想上造成這些改變的科學研究成果應該要經過同行審查。更甚者,命名上的改變即為基於研究者之間的相互審查的科學,特別是對於提高數位化的標本以及文獻的可及性。這對於確保命名與嚴謹的科學研究之間的連結來說非常重要。
5. 我們活躍且熱情的訓練下一代的研究者們,並且確保積分是給予學生和初級研究者,保護他們不被機會合作者和掠奪性期刊的影響。這對於我們領域的成長、建構未來合作者及證明我們的研究和培訓對該領域的重要性。
6. 基於”機械性的”大量的重新命名 (相對於來自於新資料及新成果的所有證據而言) 是令人懷疑的。 ”機械性的”過程在此指的是快速瀏覽近期的親緣研究文獻,並將之翻譯為新名稱或新組合的過程。這樣的過程可能造成混亂,特別是當那些資料無法提供強而有力的支持分類學上的修訂時,更可能導致積分和認可被這些人所佔用。

以上即為ASPT提到對於GLOVAP的回應,雖然是針對該出版物的回應,但其實闡述了分類學家在進行研究時,需要保持多麽慎重的態度。當研究者在做任何一個分類學上的處理時,都要再三的檢視自己提供的證據是否充分,因為學名一但合法發表之後,它就成為一個歷史上不可抹滅的印記,就好像現在我們仍然要回顧久遠之前的文獻一般,未來的研究者也會看著我們的文獻研究。所以在證據上不充分之前,寧可保持嚴謹的態度少發表一個學名,也不要輕率的發表不成熟的結果。

ASPT原文

本文最初於2018.4.17發表於同名專頁


opened book on brown table

Mabberley's Plant Book—一本好用的分類學字典

植物分類研究的過程中,不可避免的要拜訪各地的標本館查閱標本,各式標本固然是重要目的之一,但對我來說,另一件有趣且值得探訪的事,就是翻閱標本館內提供給訪客的參考書。許多標本館的歷史的歷史都相當悠久,所以館藏的各種文獻中也不乏一些珍稀的文本。我和今天要介紹的書,就是在這樣的狀況下碰面的。

現在各種線上資源的豐富性,使得在取得各類群的相關資訊變成相對容易的事,彷彿有了Google就可以隨時找到想要的資訊。不過有時用線上資料久了還是會想:有沒有一本像字典一樣,可以放在辦公桌上隨手翻閱就可以看到各類群的相關資訊的書呢?這次要介紹的Mabberley's Plant Book就是這樣方便的一本書。

這本書的內容是?

還記得第一次翻開這本書時,就被它的驚人資訊量嚇到,這本書的主要內容就是每個類群的屬/種的數量、主要形態特徵、分布和用途等,收錄的範圍包括種子植物、蕨類和石松類等。以殼斗科 (Fagaceae) 的條目來說,作者首先提及它隸屬於殼斗目 (Fagales),且不包括南方山毛櫸科 (Nothofagaceae),此為目前該科的分類地位與範圍。其次提及屬、種數量以及分布,緊接著是種藥的相關文獻以及形態特徵。在這裡,作者提供了相當詳盡的形態特徵敘述,同時為了縮減版面,各部位的專有名詞皆以縮寫代替,例如葉片leaves縮寫為lvs.。形態敘述之後,作者提供了亞科劃分方式以及其內各屬。最後再提及本科重要的經濟樹種以及主要的用途和俗名等。

本書科屬的劃分主要採用Kubitzki系統,再加上近年的分子研究成果,這使得本書的內容具有相當的可信度,也被許多研究報告引用。本書的編排方式就和字典一樣,是根據英文字母的順序來編排,而不是根據分類系統的順序來編排,這樣的好處是,即使對Kubitzki系統不熟悉,也可以輕鬆的找到目標類群。這個編排還有個有趣的巧思,就是學名長得很像或是後出同名的名稱會被放在一起,例如DilleniaDillandia、或是DigitariaDigitariellaDigitariopsisDigitalis,完整的呈現分類學家取名上的巧合和惡趣味XD

本書作者David J. Mabberley具有深厚的植物學研究背景,他是牛津大學Wadham學院的退休教授,研究領域包括系統植物學和栽培植物的相關研究等,主要關注的類群包括唇形科 (Labiatae)、楝科 (Meliaceae) 和芸香科 (Rutaceae) 等。除了科學家的背景以外,他同時也是一個作家,寫過的書相當多,其中最有名的大概就是這次介紹的這本Mabberley's Plant Book。本書的第三版出版於2008年,隔年即獲得國際植物分類協會 (International Association for Plant Taxonomy, IAPT) 頒發恩格勒銀質獎章 (Engler Medal in Silver) 的肯定 (台灣植物誌第二版也得過),可見這本書的內容與其份量。

總之,這是一本很有用的字典,作者在最小的版面裡呈現世界維管束植物的廣大世界,作爲工具書查閱的用途之外,閒來沒事拿來翻翻也可以增進對世界上各種植物的認識。

牛津大學出版社

Botany One上的相關介紹

作者David J. Mabberley的介紹


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只要出問題,DNA都能解決?

在文章的一開始,我們先來訪問DNA本人對於它被請出來救援的感想。
編:DNA大大您好,這次很榮幸邀請您來訪問。
DNA:哪裡,也謝謝你的邀請。
編:不知道你對於經常被請出來救援的感想是什麼?
DNA:唉呀,能被大家看重是好事阿,不過有的時候也是滿困擾的呢 (苦笑)
編:哦,怎麼說?我以為這種被需要的感覺還挺不錯的。
DNA:是不錯啦,但是阿,我也沒有想像中的萬能喔,你知道嗎?
編:ㄟˊ~~~~不會吧,怎麼可能,傳言中不是解不開的謎題,DNA都能解決嗎?
DNA:我也很想達成大家的願望,可惜我還是有極限的。以下就聽我娓娓道來吧!
分子生物學指的是利用遺傳物質來探討生物學議題的方式,很多生物學的領域都有分子生物技術的參與,分類學當然也不例外。最廣為人知的,莫過於近年流行的APG系統,即為利用該技術建立的分類系統。而分生技術如何影響分類成果呢?主要關鍵是在於利用基因序列比對後,經由最大簡約分析 (maximum parsimony)、最大概似度分析 (maximum likelihood) 或貝葉斯導出式分析 (Bayesian inference analysis) 等方法所得到的樹形圖,應用支序學原理 (cladistic),與先前已知的分類結果相互比較之下得到的成果。
這樣抽象的描述似乎很難理解,不如讓我們找個實際上的案例來說明吧!Schaefer (2007) 於Blumea發表的一篇報告指出,針對甜瓜屬 (Cucumis) 與相關的幾個屬的分子生物學研究顯示,過去根據形態定義的甜瓜屬並不是單系 (monophyly),而是與紅鈕子屬 (Mukia) 等幾個屬形成並系 (paraphyly) 的關係。因此作者擴大甜瓜屬的範圍,把紅鈕子屬、CucumellaDicoelospermum等幾個屬都併到甜瓜屬內,並進行學名的轉移和重新敘述該屬的形態。
這樣的案例在現今的分類學上俯拾皆是,所以我們才會覺得分子生物技術好神啊,好像解決了很多的問題。不過看似很神的背後,其實隱藏著很多的前提假設。首先,不管所要探討的議題在哪個位階,不論是科、屬、種或種下,都要徹底的了解該類群的形態變異範圍,特別是形態上的中間型或難以釐清的類群,之後取樣的時候這些都是關鍵,而且往往分類上難解的也是這些類群。
第二,分子生物技術的多樣化可說是到了眼花撩亂的地步,選擇合適的技術來解決問題也成了現在的難題之一,而由於不同技術間會有巨大的經費落差,因此這邊需要結合類群特性和經費一併考量。若不考慮經費,每個技術和所使用的DNA來源能探討的層級也不一樣,目前比較常看到的還是利用定序法來解析某段序列,經過分析得到的樹來解析類群間的關係。這個時候,由於不同序列的演化速度不同,因此選擇適合的序列來分析,就成了關鍵。
編:恩…看來要請DNA出來解決問題,沒有充分的準備還是不行的啊~
DNA:是阿,況且還可能產生不同人利用不同的方法所得到的結果是相互牴觸的呢!這個時候還是有賴其他證據的配合,例如形態、孢粉學、核型分析等,所以光靠我好像也很難說出一個很好的故事。所以我說大家都太抬舉我了麻~
編:看來我們確實是給您太大的壓力了啊 (拍肩),希望本文的刊出可以讓大家了解您所背負的壓力。
DNA:希望如此囉,希望大家也多重視其他領域的研究,就像我剛剛說的,沒有其他證據的配合,我還是孤掌難鳴啊。
編:的確如此。那麼今天非常感謝DNA接受採訪,我們下回再見~
DNA:大家再見~只要出問題,DNA都能解決?

本文最初於2018年刊登於同名專頁


學名不只要出版,還要重版出來 (誤)

學名也要出版?是的,學名也要出版,而且還有一些規定需要遵守,這個學名才叫做有效的學名,一不注意,該學名可能就變成一個無效的學名,不可不慎。而這兩項規定就是正當出版 (valid publication)有效出版 (effective publication) ,兩者規定於法規之第四章及第五章,分別介紹如下:

有效出版 (effective publication)

有效出版指的是該新名稱在法規下,僅以印刷物於公眾機構或至少各大植物學機關之圖書館所發表,可經出售、交換或贈與,提供植物學者普遍利用者,始為有效出版。2012年1月1日之後,具有國際標準期刊編碼 (ISSN)國際標準圖書編碼 (ISBN) 之電子期刊所發表之PDF文件 (參照第29.3條款與擬則29A.1),亦屬有效發表 (條款29.1)。在公開議會發表之名稱,或在公共植物園或標本上標示之名稱,或僅由手稿、打字稿或其他未發表資料製成之顯微膠片公開發表者,或非如第29條款所描述,僅由電子及電子媒體傳遞者,均屬無效 (條款30.1)。

實務上,現在多數的新名稱多半發表在期刊上,少有不符合有效出版的狀況。但是有一部分的學名會發表在書籍上,作者可能要考慮到流通性的問題,雖然目前書籍出版都需要申請ISBN,但發行量很少的狀況下 (特別是沒有電子書的情況下),很容易使後來的研究學者難以取得這些研究資料。

正當出版 (valid publication)

正當出版的內容則更加嚴格,除了必須具有有效出版外,更需具備植物之拉丁文或英文特徵敘述、學名締造合於法規及指定模式標本四條件都具備者方為正當出版 (條款32.1及38.1),而一植物之學名是否合法必須有效出版與正當出版兼具尚可稱為有效之學名。

39.1條款:1935年1月1日至2011年12月31日:於此日期之間,新分類群 (藻類和所有化石類群除外) 名稱之正當出版必須附有拉丁文描述或特徵摘要或引用 (參照第38.13條款) 前人已發表的有效拉丁文描述或特徵簡述。

Art. 39.1: In order to be validly published, a name of a new taxon (algae and fossils excepted) published between 1 January 1935 and 31 December 2011, inclusive, must be accompanied by a Latin description or diagnosis or by a reference (see Art. 38.13) to a previously and effectively published Latin description or diagnosis (but see Art. H.9; for fossils see Art. 43.1; for algae see Art. 44.1).

這是一個重要的日期,特別是對於在台灣的植物分類學者們更是如此。金平亮三在1936年發表的增補改版台灣樹木誌,當中有許多新種都缺乏拉丁文描述,所以成為不合法學名,例如玉山衛矛 (Euonymus morrisonensis Kanehira & Sasaki) 即因此而為不合法名,因而後來學者發表了替換名黃氏衛矛 (Euonymus huangii H. Y. Liu & Yuan P. Yang)。

39.2條款:2012年1月1日:正當出版之條件,自該日期起,出版新分類群名稱,必須以拉丁文或英文之特徵描述或特徵簡述或引用前人已發表的有效拉丁文或英文之特徵描述或特徵簡述 (條款39.2)。

Art. 39.2: In order to be validly published, a name of a new taxon published on or after 1 January 2012 must be accompanied by a Latin or English description or diagnosis or by a reference (see Art. 38.13) to a previously and effectively published Latin or English description or diagnosis (for fossils see also Art. 43.1).

40.1條款:1958年1月1日:於此日期或之後,屬或屬下分類群之正當出版必須指明模式。

Art. 40.1: Publication on or after 1 January 1958 of the name of a new taxon of the rank of genus or below is valid only when the type of the name is indicated (see Art. 7–10; but see Art. H.9 Note 1 for the names of certain hybrids).

40.4 條款:2007年1月1日:於此日期之前,新種或新的種下分類群名稱的模式 (化石除外) 可以是一幅插圖,但於此日期之後,其模式必須是一張標本。

Art. 40.4: For the purpose of this Article, the type of a name of a new species or infraspecific taxon (fossils excepted: see Art. 8.5) may be an illustration prior to 1 January 2007, on or after which date, the type must be a specimen (except as provided in Art. 37.5).

40.6條款:1990年1月1日:於此日期或之後,新屬或新的屬下分類群,指定模式標本時必須包括術語typus或holotypus或其縮寫或是現代其他語言中之同義詞。當新屬或屬下分類群僅含一個種時,指明該種之模式即可。

Art. 40.6: For the name of a new taxon of the rank of genus or below published on or after 1 January 1990, indication of the type must include one of the words “typus” or “holotypus”, or its abbreviation, or its equivalent in a modern language (see also Rec. 40A.1 and 40A.2). But in the case of the name of a monotypic (as defined in Art. 38.6) new genus or subdivision of a genus with the simultaneously published name of a new species, indication of the type of the species name is sufficient.

40.7條款:另外,於此日期或之後,新種或種下分類群之名稱,當其模式為一份標本或未發表的插圖時,發表時必須指明保存該模式的標本館、收藏處或研究機構。

Art. 40.7: For the name of a new species or infraspecific taxon published on or after 1 January 1990 of which the type is a specimen or unpublished illustration, the single herbarium or collection or institution in which the type is conserved must be specified.

其他相關法規內容可參照線上版法規的第四章第五章

此外,在法規的附錄I中有所謂的禁止著作 (suppressed work),在羅列的文獻中發表的特定位階的學名,皆屬不合法。

本文最初於2018.5.1發表於同名專頁


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個人資料庫網站的選擇-Scratchpads

還記得十幾年前在念碩班的時候,那個時候分類學界剛吹起一股數位典藏的風潮,很多標本館都開始架設自己的資料庫網站,讓世界各地的研究者,都可以藉由這些網站檢視該標本館的館藏。除了標本館的資料庫以外,還有一些文獻資料庫也數位化保存版權自由的古文書。不過看了這麼多網站,難免會有心癢癢的時候,野外跑久了總是會想要有個地方來放置及整理這些資料,目前比較常見的方式是採用部落格或是網路相簿的方式整理,但感覺還是有那麼一點不太好用,畢竟這些方式的原始設計目的就不是為了資料庫而生,通常沒辦法系統性的根據類群呈現想要的資訊。自行架站雖然可以符合需求,但是架站的學習成本高,伺服器和網域名稱又要一筆費用,是否有其他的選擇呢?

Scratchpads是什麼?

這裡提供一個不錯的選擇-Scratchpads。Scratchpads是由一群網路工程師與分類學家所成立的網站,這個網站的目的,就是提供世界各地的科學家一個自由的平台,為各自有興趣的類群或區域的生物多樣性,在網路上分享各種資料。根據網站上的資料,目前支持這個網站運作的資金來自歐洲許多學術機構和博物館,網站也良好運作中,今年還有持續更新,使用上應該可以不用擔心。如果想要知道創建出來的網站的外觀和功能,可以參考網站上的列表,這裡也提供一個範例供參考:https://convolvulaceae.myspecies.info/

從外觀看來,Scratchpads提供的樣板應該是相當固定的,包括首頁、樹狀的類群呈現方式、照片庫等,可以調整的地方不多,好處是不用花心思在設計上,只要專心地上傳資料就好。如果是對於美觀比較要求的人,可能就不太適用了。目前網站似乎把註冊新網站的表單關閉了,要成立新網站的話可以寫信scratchpads@nhm.ac.uk,把姓名、感興趣的類群,以及網站的可能大小告訴對方,他們會協助建立網站。

你也在尋找適合的資料庫網站嗎?那麼不妨看看Scratchpads提供的服務,是否與你的需求符合吧!


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穩定、穩定、再穩定

植物學需要一精密命名法規以供世界各國學者共同使用,一方面處理分類群之階級或單位,另一方面則以學名應用於植物各分類群上。學名之創設在於提供指示分類群分類階級之工具,而非指示其特徵或歷史。其目的主要在於提供各及分類群名稱之一固定法則,藉以避免一切易致錯誤、混淆不清或紊亂學名之使用。次為避免不必要學名之創設。至於文法之訂正、讀音不協調、流行之習慣、人名之牽涉等,雖然具有不可否認之重要性,相對成為次要目的。

這是命名法規總論的第一條,很清楚的闡明了法規的精神。法規的目的,在於穩定學名的使用,所以在某些情況下,法規容許例外的存在,例如違反優先權的學名使用,或是替換名等,其目的都是在於不為了遷就法規,而產生過多不必要的學名,或是使學名在應用於不穩定的狀況發生。

其次,法規的原則有6條,說明法規中最重要的概念。

1. 藻類、真菌及植物命名法規獨立於動物及細菌命名法規,互不牽涉。本法規適用於視同藻類、真菌和植物之所有分類群名稱,不論該名稱是否當初有無被指定隸屬者 (見總論8)。
The nomenclature of algae, fungi, and plants is independent of zoological and bacteriological nomenclature. This Code applies equally to names of taxonomic groups treated as algae, fungi, or plants, whether or not these groups were originally so treated (see Pre. 8)

總論第八條表示:本法規之條款適用於所有傳統認知之真菌、藻類及植物,不論化石或非化石植物,包含藍綠藻 (Cynobacteria)、Chytrids、卵菌類及細胞性黏菌;及能行光合作用之原生生物 (Protists) 與其分類上相關而不能行光合作用之原生生物 (原生動物界Microsporida除外)。

2. 分類群的名稱之應用由命名模式決定。
The application of names of taxonomic groups is determined by means of nomenclatural types.

這裡指的是所謂的模式化法 (typification),從科以下的位階皆有對應的模式,其中常被研究者關心的就是所謂的模式標本 (type specimen)。模式標本到底有什麼能耐,只要看一眼,學者的煩惱都可削減大半,後面我們會有專門的文章談這件事。

3. 分類群之命名基於發表的優先權。
The nomenclature of a taxonomic group is based upon priority of publication.

優先權絕對是最常惹事的法規重點,你以為先發表就先贏?要取得絕對的先,絕對沒有那麼容易啊。

4. 每一個具有特定範圍、位置及階層之分類群僅能有一個正確之名稱,除特殊情況外,其指最早合法發表的該名稱。
Each taxonomic group with a particular circumscription, position, and rank can bear only one correct name, the earliest that is in accordance with the Rules, except in specified cases.

特殊情況就是細節中的魔鬼,同時這裡又再次提到優先權,其重要性不言而喻。

5. 無論其詞源為何,分類群之學名應為拉丁文。
Scientific names of taxonomic groups are treated as Latin regardless of their derivation.

這條可能是原則裡最容易理解的了 (笑)。

6. 除非明確限制,命名條款具有追溯既往之效。
The Rules of nomenclature are retroactive unless expressly limited.

還記得先前談到法規有規定每條規則的生效日期嗎?這就是原因。

 

本文最初於2018.3.27發表於同名專頁。